Linh hồn Bạc - Gintama là câu chuyện diễn ra ở Edo (được đổi tên thành Tokyo từ năm 1868), Nhật Bản vào cuối thời Edo khi nơi này đang bị xâm lược bởi bọn người ngoài hành tinh được gọi chung là Amanto. Các samurai Nhật Bản đã chiến đấu chống lại Amanto nhưng thất bại, và Amanto ra lệnh cấm mang gươm ở nơi công cộng.

Nội dung tập trung vào một samurai lập dị, Gintoki Sakata, người đã giúp chàng trai trẻ Shinpachi Shimura cứu chị gái cậu ta là Otae từ một nhóm người ngoài hành tinh muốn đưa cô vào kỹ viện. Bị ấn tượng bởi Gintoki, Shinpachi đã quyết định đi theo Gintoki để “học cách trở thành một võ sĩ” và làm các công việc tự do cùng với anh ta để có thể trả tiền thuê nhà hàng tháng. Hai người bọn họ đã cứu một cô bé người ngoài hành tinh tên gọi Kagura khỏi một nhóm Yakuza (xã hội đen), những kẻ muốn lợi dụng sức mạnh siêu phàm của cô bé để giết người. Kagura – thuộc tộc người Yato có sức mạnh vô địch, đã nhập nhóm cùng Shinpachi và Gintoki, lập nên nhóm “Gin chuyên làm chuyện vặt” (thường gọi tắt là Yorozuya) chuyên đi giải quyết những công việc được yêu cầu.